دکتر محمد مهدیآخوندی در هشتم فرودین ماه ۱۳۳۵ در خانواده ای فرهیخته و در شهر تهران چشم به جهان گشود. پدرشان مرحوم حجت الاسلام و المسلمین حاج شیخ محمد آخوندی (مؤسس دارالکتب الاسلامیه و بزرگترین ناشران منابع اسلامی و آثار اهل بیت (ع) از چاپ سنگی به چاپ جدید در ایران) بود.
در مهر ماه سال ۱۳۵۸ پس از بازگشایی دانشگاهها، تحصیلات خود را در دانشگاه علوم پزشکی ایران در رشته علوم آزمایشگاهی دنبال نمود. هم زمان وی به‌عنوان نماینده دانشجویان دانشگاه انتخاب گردید.
دکتر آخوندی از دوران دانشجویی در دانشگاه علوم پزشکی ایران فعالیت‌های متنوع علمی و اجرایی را آغاز کرد. در سال ۱۳۵۸ و در فرصت فراهم شده، هم زمان با تعطیلی دانشگاهها و با همراهی همفکران خود توانست ابتدا سازمان جذب نیرو (سازمانی جهت جذب و بکارگیری دانشجویان در زمان تعطیلی دانشگاهها) و سپس نهاد علمی- فرهنگی جهاد دانشگاهی کشور را که نهادی عمومی و غیردولتی است، پس از تصویب در ستاد انقلاب فرهنگی منصوب امام خمینی در سال ۱۳۵۹ تأسیس نماید. وی از همان ابتدا و توسط ستاد اتقلاب فرهنگی، بعنوان یکی از اعضای شورای عالی جهاد دانشگاهی منصوب و توانست این نهاد را در سراسر ایران و در همه دانشگاه‌های کشور توسعه دهد.
دکتر آخوندی پس از شروع فعالیت مجدد دانشگاه ها و با شناخت مشکلات و کمبودهای کمک آموزشی موجود دانشگاه‌های کشور در زمینه‌ی فیلم و اسلایدهای آموزشی، مؤسسه دانش پی را با کمک هنرمندانی از رشته فیلم و عکاسی تأسیس کرد. این مؤسسه توانست بخش مهمی از نیازهای دانشگاه‌های علوم پزشکی و مراکز علمی کشور را در این زمینه را تأمین نماید.
وی در سال ۱۳۶۵، با گذشت قریب به ۹ سال از شروع تکنولوژی لقاح خارج رحمی و فراهم شدن امکان درمان ناباروری در دنیا و نیاز و گرایش فزاینده هموطنان برای اعزام به دیگر کشورها از جمله انگلیس و آلمان به منظور انجام درمان ناباروری، مؤسسه رویان را بههمراه چند تن از همکاران خود، با هدف فراهم آوردن امکان درمان زوجهای نابارور در ایران، پایه‌گذاری و تأسیس نمود. این مرکز در سال ۱۳۶۹ به‌عنوان نخستین مرکز در پایتخت شروع به فعالیت کرد و اکنون نیز با گسترش فعالیت‌های خود توانسته است به‌عنوان یکی از مراکز پیشرفته درمان‌های کمک باروری و سلول درمانی شناخته شود. پژوهشگاه رویان در سالهای اخیر، فعالیت های خود را در ابعاد تحقیقاتی متنوع، به ویژه سلول‌های بنیادی وشبیه سازی توسعه داده است.
ایشان با توجه به نیاز کشور در زمینه علوم تولید مثل، برای ادامه تحصیل در مقطع دکتری تولید مثل و جنین شناسی، در پایان سال ۱۳۷۰ به کشور انگلستان رفت و در شهریور ماه سال ۱۳۷۵با کسب درجه دکترای تخصصی در رشته جنین‌شناسی و برای خدمت به هموطنان، به کشور بازگشت.
در آن زمان اگرچه حدود بیش از ۲۵ مرکز درمان ناباروری در کشور تاسیس و راه‌اندازی شده بود، اما توسعه پرشتاب علوم بیولوژی و بیوتکنولوژی تولید مثل در جهان و نیاز مبرم به توسعه این علوم در کشور از یک سو و عدم وجود و تمرکز مراکز دانشگاهی در این زمینه، تصمیم به رفع این محدودیت در کشور گرفت.
در همین راستا، آقای دکترآخوندی با همت والای خویش و گردآوری جمعی از متخصصان ایرانی داخل و خارج کشور، طراحی مرکز تحقیقات بیولوژی و بیوتکنولوژی تولید مثل را درسال ۱۳۷۶ آغاز کرد و با تأسیس این مرکز در سال ۱۳۷۷، توانست بستری مناسب را برای پژوهش در علوم تولید مثلی، از جمله ژنتیک، ایمونولوژی، غدد، جنین‌شناسی، عفونت و اخلاق زیستی فراهم کند. در ادامه همین مسیر، با گسترش این مجموعه به سه مرکزتحقیقاتی بیوتکنولوژی تولید مثل، آنتی‌بادی مونوکلونال و نانوفناوری زیستی، پژوهشگاه ابن سینا را با بیش از ۱۰ گروه پژوهشی و با زیرساخت بیوتکنولوژی در حوزههای علمی تولید مثل و سرطان تأسیس نمود. و با برگزاری سمینارها و کنگرههای کشوری سالانه، موضوعات بین رشتهای و چالشی را در حوزههای علمی مرتبط برگزار نمود و این اقدامات دستمایهای برای توسعه علوم تولید مثلی در کشور گردید.
ایشان در کنار این مجموعه‌ی تحقیقاتی، در سال ۱۳۸۳، مرکز تحقیقاتی- درمانی ناباروری و سقط مکرر ابن سینا را نیز، با هدف توسعه درمان بههمراه پژوهش و فراهم‌کردن امکان کاربردی‌کردن نتایج پژوهش‌های انجام‌شده، تأسیس نمود. پژوهشگاه فناوری‌های نوین علوم زیستی ابن سینا و مرکز فوق تخصصی درمان ناباروری و سقط مکرر ابن سینا تا چندی پیش به‌عنوان مراکز شاخص پژوهشی و درمانی کشور فعالیت مینمودند.
پرفسور محمد مهدی آخوندی از اول بهمن ماه سال ۱۳۹۵ و بدلیل مشکلاتی که توسط مسئولین وقت نهاد جهاد دانشگاهی ایجاد گردید، به ۳۷٫۵ سال تلاش شبانه روزی خود در جهاد دانشگاهی پایان داد. با این امید که بتواند بر پایه دانش و تجربه وافر خود و در موقعیتهای مناسب دیگر، در خدمت به هم میهنان خود قرار گیرد.
فعالیت های اجرایی ایشان:
از متخصصین حوزه علوم تولید مثل و جنین شناسی بالینی کشور
از مؤسسین جهاد دانشگاهی، سال ۱۳۵۹
مؤسس موسسه دانش پی، سال ۱۳۶۴
از مؤسسین پژوهشگاه رویان، سال ۱۳۶۷
از انتفال دهندگان تکنولوژی نوین کمک باروری به کشور، سال ۱۳۶۹
مؤسس پژوهشگاه ابن سینا، سال ۱۳۷۸
مؤسس انتشارات پژوهشگاه ابن سینا، سال ۱۳۸۱
از بنیان گذاران کمیته کشوری اخلاق زیستی و اخلاق در علم و فناوری کشور و عضویت در آن کمیته از سال ۱۳۸۰
مؤسس مرکز درمان ناباروری ابن سینا، سال ۱۳۸۲
مؤسس مرکز رشد سلامت ابن سینا، سال ۱۳۸۲
از موسسین انجمن علمی جنین شناسی و بیولوژی تولید مثل ایران، سال ۱۳۹۰
بنیان گذار و مدیر مسئول مجله علمی- پژوهشی ARI از سال ۱۳۷۸
بنیان گذار و مدیر مسئول مجله علمی- پژوهشی AJMB از سال ۱۳۸۸
آینده جایی نیست که به آنجا میرویم، آینده را ما بوجود میآوریم. راههای رسیدن به آیندهای خوب و با افتخار را بشناسیم و بسازیم تا فرزندان ما الگوی پیشرفت و سازندگی را ببینند، بیازمایند، تجربه و دنبال کنند. به بودن و زندگی خود مباهات و افتخار کنند و چراغ روشنی را برای آیندگان نیز بر فروزند.