دکتر محمد مهدی آخوندی در هشتم فرودین ماه ۱۳۳۵ در خانواده ای فرهیخته و در شهر تهران چشم به جهان گشود. پدرشان مرحوم حجت الاسلام و المسلمین حاج شیخ محمد آخوندی (مؤسس دارالکتب الاسلامیه و بزرگترین ناشران در ایران) بود.
در مهر ماه سال ۱۳۵۸ پس از بازگشایی دانشگاهها، تحصیلات خود را در دانشگاه علوم پزشکی ایران در رشته علوم آزمایشگاهی دنبال نمود. هم زمان وی بهعنوان نماینده دانشجویان دانشگاه انتخاب گردید.
وی از دوران دانشجویی در دانشگاه علوم پزشکی ایران فعالیتهای متنوع علمی و اجرایی را آغاز کرد.